在国民党统治区和沦陷区，青年抗日救国组织的工作受到多种限制乃至镇压，工作环境极其恶劣，但是这些组织的成员在共产党的领导下,采取机动灵活的方式开展抗日救国活动，广泛团结各界青年，扩大抗日民族统一战线的影响，同各种破坏团结抗战的行为和主张作坚决的斗争，同日伪政权和武装作殊死的搏斗，为夺取抗日战争的最后胜利做出了重要贡献。
在整个抗日战争时期中，虽然共青团组织被改造，但是党领导下青年工作和青年组织的工作并没有中断。党通过这一时期领导青年抗日救亡组织的实践，积累了丰富的群众工作经验，极大地丰富了青年团的工作理论和指导思想，为后来青年团组织的进一步发展奠定了坚实的基础。
到了1947年7月,人民解放战争开始出现人民军队转入战略进攻的新形势，中共中央工作委员会于7月至9月在河北省平山县西柏坡村召开全国土地会议，以推动解放区土地改革运动的进一步发展。在土地会议及与之相伴召开的全国解放区青年工作代表会议上，中共中央书记处书记刘少奇代表党中央明确提出“在土改中把青年团下层组织形成起来”，要求各解放区在土地改革中扩大团的试建工作。
此后，随着土地改革运动的深入开展，试建青年团工作在各解放区广泛开展起来，基层团组织得到较快发展，同时在土地改革中发挥了重要作用。
1947年 10月10日,中国人民解放军总部发表宣言,响亮地提出“打倒蒋介石，解放全中国”的口号。到1948年秋，人民解放战争战场上敌我力量的对比就发生了根本性的变化，人民解放战争开始进入夺取全国胜利的战略决战阶段，新中国的曙光即在世界东方的天际露出。1948年9月，中共中央在西柏坡召开了政治局扩大会议，为夺取革命在全国的胜利作思想、政治、组织上的准备。就是在这次重要的会议上，作出了在1949年上半年召开全国青年代表大会、成立全国青年联合会和正式建立新民主主义青年团的决定。新的形势和任务要求建立青年团工作加快步伐。为此，党中央决定创办中央团校，着手培训青年工作干部。 1948年9月中央团校在河北省平山县两河村正式开学,第一期学员488人在小山村的树林中，席地而坐，以膝盖当书桌，开始了从事青年团工作前的理论学习生活，从他们当中走出了新中国第一批经过专门培训的青年团干部。
在开办中央团校的同时，为适应青年团思想教育工作的需要，中共中央还决定开始《中国青年》杂志的复刊筹备工作。1948年12月20日复刊后的第一期《中国青年》出版发行。在这一期上，不仅有中共中央主席毛泽东亲自题写的刊名，而且还发表了毛泽东为《中国青年》复刊专门书写的题词:“军队向前进，生产长一寸。加强纪律性，革命无不胜。”这期杂志与读者见面后，受到各界青年的普遍欢迎。
1949年4月11日至18日，中国新民主主义青年团第一次全国代表大会在刚刚解放的北平隆重举行。中国新民主主义青年团一大的召开标志着中国青年运动又有了自己的领导核心，中国青年运动即将进入一个新的历史发展时期。在中国新民主主义青年团一大闭幕后的第三天，1949年4月21日毛泽东主席和朱德总司令发布了向全国进军的命令。一时间，万炮齐鸣，千帆竞发，百万雄师一举渡江。4月 23日，解放军占领了国民党的统治中心南京，宣告了延续了22年的国民党反动统治的灭亡。
1949年10月1日，五星红旗在天安门广场冉冉升起，中华人民共和国在庄严的礼炮声中诞生了。中国青年团组织从此也开始了新的征程。
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